九鐵與地鐵合併阻礙重重，新成立的鐵路公司至今無法解決兩鐵員工同工不同酬的問題，據悉新公司召開了十次諮詢大會，仍未能與員工達成雙方都能接受的方案。地鐵現有員工六千多人，日後四千多名九鐵前線人員合併入該公司，全數逾萬名人員需要重新簽定僱傭合約，轉為新鐵路公司名下僱員。消息透露，兩鐵合併後，員工薪酬福利將按地鐵現有制度執行，估計四千多名九鐵員工轉職後將面對減人工及減福利危機，九鐵部分員工警告，若既有薪酬福利受損，會盡一切辦法阻礙兩鐵合併。
為了讓兩鐵員工能夠順利合併及相互了解各自的工作，地鐵本月初在九龍灣總部騰空樓層成為「兩鐵合併過渡中心」，兩鐵前線部門的主管及代表集中在該樓層內商討合併後各個部門工作流程及分工，獲得成果之後將報告建議呈交管理層研究，作為合併後兩鐵前線部門人員分工協調工作大綱。該樓層在完成前期協商功能後，會轉為九P:鐵前線部門人員辦公地點。
地鐵保證僱傭條件不變
地鐵公司發言人稱，合併初期會確保兩鐵所有員工的僱傭條件不變，現時兩鐵已成立專責小組檢討及制訂合併後的員工薪酬福利架構，會定期諮詢員工及各工會意見，確保制訂統一的制度。